Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS)

Présentation

La plateforme Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS) résulte de l’effort conjoint de plusieurs équipes de Bioinformatique Structurale de Paris pour promouvoir une ressource autour des thématiques de la Bioinformatique Structurale.
RPBS est reconnue par le GIS IBiSA depuis 2009. Elle est membre depuis 2011 de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et de ChemBioFrance depuis 2018. La plateforme héberge le projet iPOP-UP initié en 2020 afin de promouvoir la Bioinformatique au sens large et fédérer les équipes au sein d’Université Paris Cité.
La ressource de calcul est localisée dans le Bâtiment Lamarck A du campus des Grands Moulins.
Adossée à l’une des équipes de l’unité BFA, la plateforme permet l’analyse et la modélisation de la structure et de la fonction des protéines en particulier au travers de deux axes : étude des mécanismes moléculaires, développement de médicaments.

Activités

Expertises

• modélisation de la structure des protéines ;
• recherche de similitudes structurales ;
• modélisation de la structure de complexes protéiques ;
• modélisation de novo de la structure des peptides ;
• criblage in silico (structure-based) ;
• impact structural de mutations ponctuelles.

Equipements

L’infrastructure computationnelle de RPBS est la suivante :

• cluster d’environ 3500 cpus ;
• 11 nœuds GPU ;
• espace de travail de 125 To, espace de sauvegarde de 214 To ;
• 6 serveurs de virtualisation ;
• accès réseau à 10 Gb/s ;
• 2 modules UPS 12kVA.

Services proposés

• développement de méthodes de la Bioinformatique Structurale ;
• déploiement de services sur la ressource de calcul de la plateforme ;
• formation et conseil aux biologistes ;
• cloud computing (Platform As A Service) : hébergement de matériel propriétaire.

La plateforme RPBS est impliquée dans des actions d’enseignement tant au niveau de la formation initiale (stages de licence et de master) que de la formation continue.