Plateformes de l’IBPC
Présentation
L’institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) est fidèle à sa vocation pluridisciplinaire de promouvoir des recherches dans tous les domaines de la Biologie. Les bases structurales, génétiques et physico-chimiques du vivant y sont étudiées à leurs différents niveaux d’intégration, de la molécule à l’organisme. L’IBPC est un lieu de recherche ouvert sur la communauté scientifique internationale, qui promeut des travaux guidés par la curiosité scientifique et réalisés dans une atmosphère de liberté intellectuelle.
L’IBPC a été lauréat de deux programmes du plan d’investissements d’avenir en 2012, l’EquipEx CACSICE et le LabEx DYNAMO. Ces financements et deux financements SESAME de la Région Ile-de- France ont permis de construire des plateformes offrant des instrumentations scientifiques de haut niveau en biologie, soutenues par des expertises se trouvant dans les unités de recherche de l’IBPC et des moyens humains de la Fédération de recherche (FR550).
En synergie avec la plateforme historique de cristallographie, nous avons monté une plateforme de protéomique, de RMN biomoléculaire et un mur de visualisation. Depuis 2019, nous travaillons sur le développement de deux nouvelles plateformes : une plateforme de biophysique pour la caractérisation d’échantillons complexes et des interactions moléculaires avant analyse structurale et une plateforme de génomique fonctionnelle pour l’analyse de données de séquençage haut-débit.
Activités
Expertises
La plateforme de protéomique propose une expertise en spectrométrie de masse et vous accompagne dans vos analyses protéomiques qu’elles soient réalisées à partir de protéines purifiées ou bien à partir d’échantillons protéiques complexes.
La plateforme de cristallographie et biophysique propose des expertises en cristallographie de macromolécules biologiques (ARN, protéines solubles et membranaires) et en analyse d’échantillon et caractérisation d’interaction avant analyse structurale.
La plateforme de RMN biomoléculaire offre aux équipes de recherche un accès à une infrastructure de pointe pour l’étude de macromolécules biologiques (en phase solide ou liquide) et de leurs complexes par résonance magnétique nucléaire (RMN).
La plateforme de visualisation propose aux chercheurs un mur d’écrans stéréoscopiques de grande taille et de haute résolution pour l’exploration/manipulation de leur données, la visualisation d’images hautes résolutions et la visualisation de structures de macromolécules et de trajectoires de simulations en 3D.
Équipements
- Spectromètre de masse Q Exactive (Thermoscientific) couplé en amont à une nano-chromatographie liquide à ultra haute performance ;
- Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF Axima Performance (Shimadzu) ;
- Spectromètre Bruker Avance III-HD 700 MHz et diverses sondes liquides et solides dont une cryosonde ;
- Deux robots de cristallisation Mosquito (un à 18°C et un à 4°C) pouvant manipuler des phases visqueuses et des solutions de macromolécules biologiques, ainsi qu’une station de distribution rapide de liquide pour préparer les solutions utilisées par les robots ;
- Deux stations de visualisation EXPLORANOVA des plaques de cristallisation (une à 18°C et une à 4°C) ;
- Un appareil de SEC-MALS (diffusion de lumière & réfractomètre couplés à une chromatographie d’exclusion de taille), un fluorimètre et un microcalorimètre ITC sera installé en 2023 ;
- Mur d’images composé de 12 écrans stéréoscopiques, pour une taille totale de 4.4m en largeur et 1.8m en hauteur et d’une résolution de 7680 x 3240, piloté par une tablette de contrôle et accessible sous Windows 7, Linux CentOS et Mac OS X.
Services proposés
Les plateformes de l’IBPC propose différents services allant du conseil à la réalisation de l’expérience ou à la mise à disposition de l’équipement. Nos plateformes sont aussi impliquées dans la formation d’étudiants de master et de différents acteurs de la recherche en biologie. Elles sont intimement liées à l’activité des unités de recherche et sont un lieu privilégié de transmission de nos expertises.
N’hésitez pas à aller discuter avec les experts des plateformes de l’IBPC.
Bonnes expériences !
Thématiques
Tutelles
CNRS, Université Paris Cité
Unités de rattachement
Expression Génétique Microbienne – UMR 8261, Laboratoire de Biochimie Théorique – UPR 9080, Laboratoire de Biologie Physico-Chimique des Protéines Membranaires – UMR 7099
Plateformes dans la même thématique
Plateforme Proteomique Structurale et Fonctionnelle (ProtéoSeine@IJM)
ProteoSeine@IJM est la plateforme protéomique de l’Institut Jacques Monod, UMR 7592 Université de Paris Cité – CNRS.
Les activités de la plateforme incluent du service analytique, de la recherche et du développement technique et méthodologique ainsi qu’une veille technologique active.
Cordeliers Genotyping & Biochemistry (CGB) du CRC
Le CGB (Centre de Génotypage et de Biochimie) du Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) assure une prestation de service en génotypage et la mise à disposition d’appareils et matériel de biologie moléculaire et de biochimie. Ses infrastructures, ses équipements et le support scientifique et technique de son personnel sont à la disposition de tous les membres du CRC, de ses Universités de tutelle (Université Paris Cité et Sorbonne Université) ainsi qu’aux autres utilisateurs académiques ou privés. Les activités de génotypage du CGB sont engagées dans une démarche qualité depuis 2013 et sont certifiées iso 9001:v2015 et NFX-50-900. Le CGB est sous la responsabilité d’un responsable technique et opérationnel, Hermine Kakanakou.
Plateforme de Biochimie du CRI
La plateforme de Biochimie & métabolisme du petit animal associée au Centre d’Explorations Fonctionnelles Intégré (CRI, UMR 1149, http://www.cri1149.fr/les-plateformes/), UFR de Médecine à Université Paris Cité existe depuis 1999.
Plateforme de spectroscopie et d’imagerie RPE
La plateforme appartient au Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (UMR 8601), unité mixte de recherche CNRS/Université Paris Cité et est localisée sur le campus Saint Germain des Prés
IPS2 Epigenomic Platform (IPSEP)
In the recent years, the term « epigenetic » is rather used to define all the processes regulating gene expression and genome architecture, in addition to the information carried by the DNA sequence, that can be more transient or facultative in nature. Epigenetics information relies on DNA and protein modifications such as cytosine methylation (5mC, 5hmC) and histone post-translational modifications (e.g. acetylation, methylation). Many studies have highlighted the determining role of epigenetic regulations, not only in adaptation to stress and changing environments but also in the control of development. A better understanding of such processes provides the tools necessary to the development of innovative and efficient approaches to crop improvement. In this context IPSEP offers the solutions to any epigenomic and bioinformatic analysis you are seeking.
Plateau Imagerie Cellulaire et Cytométrie (PIC2) de BFA
Le plateau Imagerie cellulaire et cytométrie, créé en 2009 en même temps que l’unité BFA, donne accès à un équipement en imagerie cellulaire permettant l’observation dynamique de biomolécules dans des systèmes biologiques vivants
Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS)
La plateforme Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS) résulte de l’effort conjoint de plusieurs équipes de Bioinformatique Structurale de Paris pour promouvoir une ressource autour des thématiques de la Bioinformatique Structurale
Service de spectrométrie de Masse du LCBPT
Le service de spectrométrie de masse du Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques est une plateforme implantée au sein du Campus Saint Germain dont l’usage principal est la caractérisation et quantification de petites molécules organiques et/ou de petites biomolécules (nucléotides, peptides). Cette plateforme est dotée de trois spectromètres de masse couplés à de la chromatographie liquide et un spectromètre couplé à de la chromatographie en phase gazeuse. L’ensemble de ces matériels est géré par un assistant ingénieur, Patrice Gerardo, qui effectue un peu plus de 10 000 analyses de routine par an. Il assure également la mise au point et le développement de techniques et méthodes analytiques nouvelles.