Plateforme Histologie, Immunomarquage, Microdissection laser (Hist’IM) de l’Institut Cochin

Présentation

La plateforme HistIM est ouverte aux équipes de l’institut Cochin mais aussi aux équipes extérieures, institutionnelles ou privées. Elle propose :

– Des prestations techniques d’anatomie et pathologie, animale et humaine. Elle prend totalement en charge vos échantillons ou bien à n’importe quelle étape du processus histologique, selon votre demande

– De la mise au point sur les techniques d’immunomarquage avec révélation visible ou fluorescente, simple ou complexe jusqu’à 9 couleurs
– Formation et mise à disposition d’équipements nécessaires à l’histologie

– Aide, conseils, expertise sur la conception, la mise en place et le suivi de projets jusqu’au rendu des résultats

– Activité de Recherche et développement. Actuellement en cours : Etudes en Transcriptomique Spatiale

La plateforme HistIM est en réseau avec la plateforme « Morphologie et Histologie » du PARCC (responsable : Corinne Lesaffre). Le rapprochement de ces 2 plateformes, sous le nom PH2I (Plateforme d’Histologie, Immunomarquage et Imagerie du tissu), permet une mise en commun des compétences, des expertises et un partage des équipements et des prestations pour une caractérisation et une imagerie complètes du tissu.

Depuis 2012, les plateformes de l’Institut Cochin sont certifiées norme ISO9001: Version 2015.

Activités

Expertises

La plateforme HistIM propose son expertise dans les domaines suivant :

-Etude de transcriptomique spatiale : Grâce à la technologie Visium, il est possible, sur coupe entière de tissu, d’extraire et analyser les ARNm en présence et mettre leur expression en corrélation avec la morphologie du tissu, par des méthodes de clustering par exemple. On peut alors explorer sans biais les gènes exprimés dans différentes conditions et ainsi être orienté vers de nouvelles voies de signalisation

– Expertise sur traitement et coupe de tissus particuliers :
– les tissus durs, type os ou cartilage,
– les organoïdes/sphéroïdes
– les culots et agrégats cellulaires inclus en agarose
– les blocs de Tissue Micro Array (TMA)

– Marquage multiplex : mise au point et automatisation de protocoles type Ultivue, Opal sur automate d’immunomarquage Bond RX, Leica, pour une meilleure standardisation et reproductibilité des résultats

– Projets provenant des domaines scientifiques suivant : oncologie, immunologie, métabolisme, maladies infectieuses, microbiologie, etc…

– Formation continue : « les bases fondamentales de l’Histologie et bien plus encore » en collaboration avec l’IFSeM, une session par an de 3 jours.

Equipements

– Un automate de déshydratation et imprégnation en paraffine, Logos One, Thermo Fischer, MM France, acquis en 2017 : déshydratation automatique et imprégnation en paraffine de 210 échantillons à la fois, quel que soit le type tissulaire ou l’espèce
– Une table d’inclusion Tissue -Tek
– 1 cryostat, NX 70, Thermo Fischer, MM France, 2018
– 1 cryostat, Leica, en L2,pour la coupe de tissus humains
– 1 microtome, Autocut R, Leica, 2022
– 1 microtome complètement automatisé, Autosection, Tissue Tek, Sakura, 2018
– 1 microtome, RM 2145, Leica, mis à disposition des utilisateurs
– 1 automate de colorations histologiques, SPECTRA, Leica, 2018
– 1 automate d’immunomarquage Bond RX, Leica, 2020, pour la prise en charge de tout type d’immunomarquage pour un gain de temps et un gain de qualité, fiabilité et reproductibilité des résultats. Différents types de marquages sont possibles, du plus simple (Monomarquage DAB) au plus complexe (OPAL, Ultivue).
– 1 scanner de lames, “Lamina slide scanner” haut débit (250 lames automatisables) de chez Akoya Perkin Elmer, pour la numérisation en lames virtuelles, en visible et fluorescence
– 1 système de productions de blocs Tissue Micro Array (TMA), Minicore, Excilone, 2018
– 1 microdissecteur laser Arcturus XT, Excilone. La microdissection laser permet de s’affranchir de l’hétérogénéité d’un tissu et de prélever des zones d’intérêt ou des cellules et de les étudier au niveau moléculaire de façon spécifique

Services proposés

La plateforme HistIM traite tout type d’organes et toutes espèces. Elle propose les services suivants :
• Traitement des tissus par déshydratation et imprégnation des tissus en paraffine avec mise en bloc de paraffine
• Aide à la congélation
• Coupe au microtome
• Coupes au cryostat
• Colorations morphologiques standard pour mettre en évidence la morphologie et l’organisation cellulaire et structurale et leurs modifications. Exemple : HE, HES
• Colorations spécifiques pour mettre en évidence des signes cliniques hitologiques type inflammation, fibrose, stéatose, présence de fer, etc….. Exemples non exhaustifs : PAS, Rouge Sirius, Pearls, Huile rouge, etc…
• Immunomarquages : Caractérisation protéique du tissu par l’utilisation d’anticorps, de la révélation la plus simple (monomarquage DAB) à la plus complexe (Ultivue, OPAL) pour du phénotypage cellulaire et l’étude des microenvironnements ou des réactions immunitaires hôtes/pathogènes par exemple. Les immunomarquages sont réalisés sur automate, Leica Bond RX.
• Numérisation des lames virtuelles en lumière visible avec le scanner de lames haut débit, Lamina Slide Scanner
• Production de blocs de TMA, Tissue Micro Arrayer.
• Aide à l’analyse d’images par logiciel de traitements d’images INFORM
• Formation et mise à disposition de 4 équipements : Cryostat NX70, Microtome RM2145, Scanner de lames Lamina, Microdissecteur laser Arcturus XT
. Formation à l’analyse d’images sur INFORM (segmentation, score, quantification)