Plateforme « InterATOME »
Présentation
La plateforme InterATOME est intégrée à l’équipe de recherche OGE – Expression génomique des organites au sein du Département Interactions Plantes Microorganismes et Réseaux de l’Institut des Sciences des Plantes – Paris-Saclay (IPS2) sur le plateau de Saclay.
La plateforme est dédiée au criblage à haut-débit des interactions protéine-protéine par un système de Double-Hybride sur levures (Y2H). Elle offre ses services dans le cadre de collaborations nationales et internationales.
Activités
Expertises
Grâce à l’utilisation de plaques 384 puits et à un protocole entièrement en milieu liquide, la plate-forme InterATOME est capable de cribler un pool de 50 protéines hybrides (DB- X) contre la collection de protéines hybrides AD-AIM (environ 12000 protéines d’Arabidopsis) en deux mois. Les plasmides portant les ORFs codant pour les protéines d’intérêt fournis par nos collaborateurs dans le vecteur pDEST – DB employé sur la plateforme sont utilisés pour transformer des levures puis les protéines DB-X hybrides sont testées pour éliminer celles capables d’autoactivation. Les levures exprimant les protéines DB-X hybrides sont cultivées individuellement dans des milieux sélectifs, puis combinées en pools de 50 clones et criblées contre la banque AD-AIM. Après identification des protéines candidates, une analyse matricielle en Y2H est effectuée par « déconvolution » des 50 DB-proies et par tests individuels contre les candidats AD-appâts. Une étape finale de séquençage des protéines AD- et DB- permet la validation de l’identité des protéines en interaction.
Equipements
La plateforme est équipée de plusieurs robots nécessaires à la manipulation de plaques :
- Qpix2XT Colony picker (Genetix). Le QPix combine une analyse d’image intelligente avec une automatisation précise pour un criblage rapide et efficace de grandes collections. Le QPix peut prélever 3 000 colonies par heure et automatiser la réplication des plaques, cherry-picking, l’étalement, etc.
- Orbitor RS Benchtop Microplate mover (ThermoFisher-Scientific). L’Orbitor Microplate Mover est un déplaceur de microplaques de paillasse compact. Son bras télescopique bidirectionnel permet d’avoir un espace de travail étendu à 360° tout en assurant une grande précision de manipulation.
- Multidrop 384 Microplate dispenser (ThermoFisher-Scientific). Le Multidrop 384 est un distributeur automatisé de microplaques conçu pour le criblage à haut débit et la distribution de microvolumes dans des plaques de 384 et 96 puits.
Services proposés
La plateforme InterATOME propose une expertise allant de la conception du projet en interaction avec le collaborateur aux analyses des données avec la prise en charge de la soumission dans les bases de données. La plateforme est aussi très impliquée dans l’animation scientifique : Journées dédiées aux analyses omiques végétales et visites des installations. Plus de détails à l’adresse https://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics-interatome-metabolome-transcriptome/interatome-plateforme-interactomique.html
Thématiques
Contact
Plateforme InterATOME le plateforme d’interactomique de l’IPS2
IPS2 Bâtiment 630
Plateau de Moulon, avenue des Sciences
91192 Gif-sur-yvette
spomics-interactome@ips2.upsaclay.fr
Site web
Tutelles
Université Paris-Saclay, Université Paris-Cité, Université Evry, CNRS, INRAE
Unité de rattachement
Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay – UMR 9213
Plateformes dans la même thématique
Centre de Resources Biologiques (CRB-ADN)
Le centre de ressources biologiques (CRB-ADN) est situé sur le campus Necker qui comprend des services spécialisés pour enfants et adultes.
Cellule d’Ingénierie Génétique et d’Expression (CIGEx)
La plateforme CIGEx (Cellule d’Ingénierie Génétique et d’Expression) propose des prestations de biologie moléculaire et de biochimie des protéines en s’appuyant sur une expertise reconnue et des technologies adaptées à chaque demande.
Plateforme génomique Institut Cochin – Genom’IC
Genom’IC est une plateforme de l’Institut Cochin, labellisée IBISA, rattachée au réseau national France Génomique et donc ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle.
Plateau – Métagénomique 16S
Le plateau technique “Métagénomique 16S” apporte son expertise aux études nécessitant des compétences techniques de séquençage à haut débit et d’analyses bio-informatiques rarement disponibles à l’échelle d’une équipe de recherche.
Plateau technique – Génomique IJM
Le plateau technique “Génomique & transcriptomique” rassemble des équipements dédiés à l’analyse des acides nucléiques et au séquençage de nouvelle génération.
Plateau – Pôle de paléogénomique et de taphonomie moléculaire PPTM
Le pôle de Paléogénomique & Taphonomie Moléculaire est constitué d’un laboratoire de haut confinement permettant l’analyse de l’ADN ancien et dégradé. Il est intégré à l’Institut Jacques Monod, un Institut de biologie moléculaire avec des plateformes performantes en génomique et protéomique.
Plateforme d’irradiation de l’UMR-E 008
L’institut de radiobiologie cellulaire et moléculaire (iRCM) du CEA (UMR-E 008)dispose d’une plateforme d’irradiation ouverte aux laboratoires souhaitant étudier les effets des rayonnements ionisants sur le vivant et sur la santé humaine.
Plateforme de Transcriptomique Plante de Paris-Saclay, POPS
PrésentationLa plateforme de transcriptomique des Plantes de Paris Saclay (POPS) propose depuis 2003 des services d’analyse du transcriptome des plantes à la communauté scientifique académique ou...