Plateau – Métagénomique 16S

Présentation

Ces dernières années, les questions d’interactions hôtes / microbiote n’ont eu de cesse d’intéresser la communauté scientifique. De plus en plus d’études impliquent de prendre en compte l’ensemble des micro-organismes vivant au contact de l’organisme étudié. C’est le cas par exemple du microbiote intestinal étudié pour son rôle en physiopathologie digestive et en immunologie. Ces études font appel à des compétences techniques de séquençage à haut débit et d’analyses bio-informatiques rarement disponibles à l’échelle d’une équipe de recherche.

Dans ce contexte, un nouveau plateau technique intitulé “Métagénomique 16S” a été mis en place, au CRI, sur le site de Bichat.

Activités

Expertises

Le plateau technique “Métagénomique 16S” a pour mission d’accompagner les projets d’étude de microbiote en apportant son expertise scientifique, et en analysant la composition microbienne de prélèvements de diverse nature, par une analyse NGS métagénomique 16S.

Services proposés

Le plateau technique propose d’analyser la composition microbienne de prélèvements de diverse nature (fèces ou autre), par une analyse métagénomique 16S. Brièvement, les principales étapes de manipulation sont les suivantes :
– extraction des acides nucléiques de prélèvements ;
– quantification du matériel extrait et contrôle qualité ;
– amplification par PCR d’une séquence microbienne d’intérêt (16SrDNA) ;
– réactions de séquençage sur Miseq-Illumina ;
– traitement bio-informatique des séquences, et analyses (rapport qualité, composition taxonomique et abondances relatives, alpha-diversité, beta-diversité…).

Thématiques

Génomique, Transcriptomique & Protéomique

Contact

16 rue Henri Huchard
75018 Paris

email
Site web

Tutelles

Université Paris Cité, Inserm

Unité de rattachement

Centre de Recherche sur l’Inflammation – UMR-S 1149

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