Plateau – Métagénomique 16S
Présentation
Dans ce contexte, un nouveau plateau technique intitulé “Métagénomique 16S” a été mis en place, au CRI, sur le site de Bichat.
Activités
Expertises
Le plateau technique “Métagénomique 16S” a pour mission d’accompagner les projets d’étude de microbiote en apportant son expertise scientifique, et en analysant la composition microbienne de prélèvements de diverse nature, par une analyse NGS métagénomique 16S.
Services proposés
Le plateau technique propose d’analyser la composition microbienne de prélèvements de diverse nature (fèces ou autre), par une analyse métagénomique 16S. Brièvement, les principales étapes de manipulation sont les suivantes :
– extraction des acides nucléiques de prélèvements ;
– quantification du matériel extrait et contrôle qualité ;
– amplification par PCR d’une séquence microbienne d’intérêt (16SrDNA) ;
– réactions de séquençage sur Miseq-Illumina ;
– traitement bio-informatique des séquences, et analyses (rapport qualité, composition taxonomique et abondances relatives, alpha-diversité, beta-diversité…).
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