Plateau – Métagénomique 16S
Présentation
Dans ce contexte, un nouveau plateau technique intitulé “Métagénomique 16S” a été mis en place, au CRI, sur le site de Bichat.
Activités
Expertises
Le plateau technique “Métagénomique 16S” a pour mission d’accompagner les projets d’étude de microbiote en apportant son expertise scientifique, et en analysant la composition microbienne de prélèvements de diverse nature, par une analyse NGS métagénomique 16S.
Services proposés
Le plateau technique propose d’analyser la composition microbienne de prélèvements de diverse nature (fèces ou autre), par une analyse métagénomique 16S. Brièvement, les principales étapes de manipulation sont les suivantes :
– extraction des acides nucléiques de prélèvements ;
– quantification du matériel extrait et contrôle qualité ;
– amplification par PCR d’une séquence microbienne d’intérêt (16SrDNA) ;
– réactions de séquençage sur Miseq-Illumina ;
– traitement bio-informatique des séquences, et analyses (rapport qualité, composition taxonomique et abondances relatives, alpha-diversité, beta-diversité…).
Plateformes dans la même thématique
Plateforme Histologie, Immunomarquage, Microdissection laser (Hist’IM) de l’Institut Cochin
La plateforme HistIM est ouverte aux équipes de l’institut Cochin mais aussi aux équipes extérieures, institutionnelles ou privées.
Elle propose des prestations techniques d’anatomie et pathologie, animale et humaine.
Plateforme Proteomique Structurale et Fonctionnelle (ProtéoSeine@IJM)
ProteoSeine@IJM est la plateforme protéomique de l’Institut Jacques Monod, UMR 7592 Université de Paris Cité – CNRS.
Les activités de la plateforme incluent du service analytique, de la recherche et du développement technique et méthodologique ainsi qu’une veille technologique active.
Plateforme Génomique de l’Institut Imagine – SFR Necker
La plateforme génomique d’Imagine a pour mission d’offrir des prestations de haut niveau dans le domaine du séquençage à haut débit (NGS) depuis 2010 et de l’expression génique à la communauté scientifique d’Imagine et du site Necker-Enfants Malades principalement mais pas exclusivement
Plateforme « InterATOME »
La plateforme InterATOME est intégrée à l’équipe de recherche OGE – Expression génomique des organites au sein du Département Interactions Plantes Microorganismes et Réseaux de l’Institut des Sciences des Plantes – Paris-Saclay (IPS2) sur le plateau de Saclay.
La plateforme est dédiée au criblage à haut-débit des interactions protéine-protéine par un système de Double-Hybride sur levures (Y2H). Elle offre ses services dans le cadre de collaborations nationales et internationales.
Centre de Génotypage et Biochimie (CGB) du CRC
Le CGB (Centre de Génotypage et de Biochimie) du Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) assure une prestation de service en génotypage et la mise à disposition d’appareils et matériel de biologie moléculaire et de biochimie. Ses infrastructures, ses équipements et le support scientifique et technique de son personnel sont à la disposition de tous les membres du CRC, de ses Universités de tutelle (Université Paris Cité et Sorbonne Université) ainsi qu’aux autres utilisateurs académiques ou privés. Les activités de génotypage du CGB sont engagées dans une démarche qualité depuis 2013 et sont certifiées iso 9001:v2015 et NFX-50-900. Le CGB est sous la responsabilité d’un responsable technique et opérationnel, Hermine Kakanakou.
IPS2 Epigenomic Platform (IPSEP)
In the recent years, the term « epigenetic » is rather used to define all the processes regulating gene expression and genome architecture, in addition to the information carried by the DNA sequence, that can be more transient or facultative in nature. Epigenetics information relies on DNA and protein modifications such as cytosine methylation (5mC, 5hmC) and histone post-translational modifications (e.g. acetylation, methylation). Many studies have highlighted the determining role of epigenetic regulations, not only in adaptation to stress and changing environments but also in the control of development. A better understanding of such processes provides the tools necessary to the development of innovative and efficient approaches to crop improvement. In this context IPSEP offers the solutions to any epigenomic and bioinformatic analysis you are seeking.