Plateforme de criblage par ARN interférence (PARi)

Présentation

La plateforme PARi est dédiée au criblage à haut débit (High-Throughput Screening, HTS) et à haut contenu (High-Content Screening, HCS) de banques de perturbateurs biologiques (siRNAs, petites molécules…) sur tests cellulaires. Elle fait partie du réseau de plateformes de l’unité Stabilité Génétique, Cellules Souches et Radiations (UMR-E 008) située au CEA de Fontenay-aux-Roses (deuxième étage du bâtiment 5, sur le campus IRSN). Comme toutes les plateformes de l’unité, la plateforme PARi est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle.

Activités

Expertises

Notre plateforme dispose du savoir-faire et de l’infrastructure nécessaires à la réalisation de criblages par ARN interférence et/ou de cribles de petites molécules, de leur conception à l’analyse statistique de leurs résultats. Notre équipe possède plus particulièrement une expertise dans :

• la mise au point de tests cellulaires miniaturisés et automatisés (96 & 384 puits).
• le criblage robotisé de banques de perturbateurs biologiques sur tests cellulaires.
• le phénotypage cellulaire à haut débit par microscopie à haut contenu.
• la stratification statistique des données de grande dimension issues des criblages.

Ces approches de crible ont pour objectif de cataloguer l’ensemble de drogues, des gènes ou des micro-ARNs importants pour une fonction biologique ou une voie métabolique d’intérêt, normale ou pathologique. Les candidats ainsi identifiés servent ensuite de support pour le développement de nouvelles stratégies exploratoires, à visées fondamentales ou thérapeutiques.

Equipements

Pour réaliser ses criblages, la plateforme PARi est équipée d’un automate pipeteur-diluteur (tête 96 canaux + 8 canaux indépendants, Microlab Star, Hamilton) et d’équipements pour la manipulation fluidique (Multidrop combi, Thermo ; Elx-405, Biotek) installés sous hotte type PSM2. Un microscope de criblage à haut contenu (épifluorescence, 4 couleurs + transmission, Operetta, Perkin-Elmer) et un lecteur de microplaques multimode avec deux injecteurs (Mithras LB940, Berthold) permettent les quantifications cellulaires.

La plateforme PARi dispose aussi de diverses banques de perturbateurs biologiques, prêtes à cribler :

• Banque siARNs « On-Target Plus » pangénomique humaine (18 000 gènes, Pool de 4 siARNs/gène, Thermo).
• Banque d’inhibiteurs des miARNs humains (994 LNAs, 1 LNA/miARN, miRBase V19, Exiqon).
• Banque de surexpression des miARNs humains (2050 « mimiques », 1 mimique/miARN, miRBase V19, Thermo).
• Banque de drogues repositionnables (1520 petites molécules, 98% « FDA-approved », Prestwick Chemicals).

La plateforme a également la possibilité de cribler des banques tierces (commerciales ou académiques).

Services proposés

Un projet de criblage se découpe classiquement en trois grandes phases : (1) sa conception, qui permet d’aboutir à un test miniaturisé et automatisé spécifique, sensible et reproductible ; (2) la réalisation et l’analyse d’un crible primaire permettant l’identification statistique de candidats ; et (3) un crible secondaire qui consiste à retester ces candidats pour confirmer leur activité. Ceux actifs dans le second crible sont considérés comme des touches (« hits »).

Notre plateforme propose à la communauté scientifique des solutions de criblage complètes pour :

• la génomique fonctionnelle par perte-de-fonction de gènes (criblage de banques de siARNs).
• le criblage de banques de petites molécules.
• la miRNomique fonctionnelle par perte- ou gain-de-fonction de microARNs (criblage de banques d’anti-sens ou de mimiques des miARNs).
• des solutions de criblage « sur mesure » : cribles combinatoires, modificateurs, différentiels, identification de cibles de miARNs (STaRs Assay)

Tous nos criblages sont réalisés sur des tests cellulaires mammifères, rapporteurs d’une ou plusieurs fonctions biologiques. Certaines banques de perturbateurs (siARNs, miRNAs…) imposent, par leur nature, de travailler sur des cellules humaines. Notre approche de choix pour la quantification de tests cellulaires est l’imagerie à haut contenu, qui permet de multiplexer les mesures phénotypiques directes. En marge de ses activités de criblage, notre plateforme propose aussi un accès à ses équipements