Plateau d’analyse structurale et fonctionnelle du globule rouge

Présentation

Le plateau d’analyse structurale et fonctionnelle du globule rouge fédère les expertises des équipes de l’unité Biologie Intégrée du Globule Rouge (BIGR) et celles de certaines équipes du labex GR-Ex comme celle du Pr Olivier Hermine.
Il a pour but de faciliter les interactions internes et les échanges technologiques, mais aussi de favoriser les interactions avec les communautés scientifiques académiques et industrielles par le biais de collaborations ou de prestations.
Ce plateau regroupe des expertises d’analyse fonctionnelle du globule rouge (cytométrie, rhéologie, adhérence cellulaire en flux dynamique, cinétique rapide de transport) et fait le lien avec les expertises de biologie structurale de l’équipe DSIMB (équipe 2 de l’UMR_S1134).
Le plateau est basé temporairement sur le site Broussais (Paris 14ème) pour être localisé définitivement sur le site de l’hôpital Necker (Paris 15ème) en 2024.

Activités

Expertises

Deux domaines d’expertise sont accessibles sur le plateau, un domaine d’analyse fonctionnelle et cellulaire, ainsi qu’un domaine de la bio-informatique.

Analyses fonctionnelles et cellulaires

• Cytométrie et tri cellulaire : analyser quantitativement et qualitativement un grand nombre de cellules par diffusion lumineuse et émissions de fluorescence ;
• Différents types cellulaires :
  • Érythrocytes, progéniteurs hématopoïétiques circulants, neutrophiles ou diverses lignées cellulaires…
  • Capacité de trier les cellules selon leurs spécificités ;
  • Recours possible à d’autres outils impliquant l’émission de fluorescence.
• Rhéologie et viscosimétrie :
  • Analyser les propriétés de déformation et de viscosité des échantillons sanguins ou de suspensions cellulaires ;
  • Propriétés rhéologiques (élongation, agrégation, stabilité cellulaire) analysées par ektacytométrie ;
  • Différentes conditions : contraintes de cisaillement croissantes, de gradients osmotiques ou gazeux (O2).
• Viscosimétrie et hématocrite ;
• Adhérence cellulaire en flux :
  • analyser les propriétés d’adhérence cellulaire en flux d’échantillons sur des supports traités (micro-canaux) ;
  • Types d’échantillons : prélèvements sanguins, suspensions cellulaires ;
  • Supports variés : protéines purifiées, tapis cellulaires.
• Bio-informatique (équipe DSIMB) :
  • Biophysique computationnelle, simulations moléculaires en système membranaire ;
  • Bioinformatique structurale, modélisation comparative pour la structure des protéines membranaires

Équipements

Analyses fonctionnelles et cellulaires

• Cytométrie et tri cellulaire :
  • Un cytomètre BD FACSCanto II (BD Biosciences) avec 3 lasers (405 nm, 488 nm et 633 nm) capable de détecter 8 couleurs (10 paramètres au total). Module HTS disponible ;
  • Un cytomètre Accuri C6 Plus avec 2 lasers capable de détecter 4 couleurs ;
  • Un trieur SONY MA900 avec 3 lasers (405 nm, 488 nm et 638 nm) capable de détecter 12 couleurs. Puces disponibles de 70, 100 ou 130 µm pour trier sur 2 ou 4 voies. Récolte en tubes ou sur plaques de 96 ou 384 puits. Option cellule unique (single cell) disponible.
• Rhéologie et viscosimétrie :
  • Deux modèles d’ektacytomètre LORRCA (RR Mechatronics) pour l’analyse des propriétés d’élongation érythrocytaires sous différentes conditions contrôlées d’osmolalité, d’agrégométrie, de pression d’oxygène et de température ;
  • Un Viscosimètre programmable BROOKFIELD DV2T en version Cône & Plan ;
  • Une centrifugeuse à hématocrite SIGMA 1-15P.
• Adhérence cellulaire en flux :
  • 2 Microscopes AxioObserver Z1 (ZEISS) adaptés à la conservation des cellules, avec lumière transmise (lampe Halogène ou diode), et sources dédiées à la fluorescence (COLIBRI 7 + module HXP) ;
  • Système de pompe à piston (Kima, Cellix Ltd) et de pompes à vis rétrocontrôlées pour l’adhérence dynamique (ExiGo, Cellix Ltd) ;
  • Système de microfluidique : pompes à air (MFCS, Fluigent) et caméra ultra-rapide (Phantom).

Cinétique des transporteurs et canaux de membrane :
Spectrofluorimètre en flux interrompu.

Services proposés

Aujourd’hui, le plateau d’analyse structurale et fonctionnelle du globule rouge a principalement vocation à apporter son soutien aux projets de recherches de l’unité Biologie Intégrée du Globule Rouge (BIGR) et au labex GR-Ex. Des projets et expertises industriels ont été menés, la plupart du temps sous forme de prestations pilotés par la SATT de l’Université Paris Cité.
Le plateau et l’unité BIGR sont ouverts à toutes demandes de collaborations ou de prestations dans différents domaines d’expertise et notamment autour de l’analyse des globules rouges et du sang (cytométrie, rhéologie, adhérence dynamique) ainsi que des études in silico des protéines membranaires (outils DSIMB). Ces demandes seront étudiées en fonction des ressources du plateau et du type d’interaction souhaité.