Plateforme d’imagerie moléculaire (iMAP) du CRI

Présentation

La plateforme iMAP appartient à l’Inserm, UMR 1149, Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI). Elle est adossée à l’équipe de recherche « De l’inflammation au cancer dans les maladies digestives » située sur le site de l’hôpital Beaujon (Clichy la Garenne). iMAP est membre d’un réseau structuré de plateformes protéomiques identifiés par l’Université de Paris et regroupant Proteom’IC 3P5 (Institut Cochin, E-F Gautier – F. Guillonneau), PPN (SFR Necker, C Guerrera), et ProteoSeine (Institut J Monod, JM Camadro – G. Chevreux), qui développent des approches protéomiques complémentaires performantes pour l’analyse et la quantification des protéines.

Etant ouverte à toute la communauté scientifique académique ou industrielle, iMAP est donc engagée dans une démarche qualité (ISO 9001) afin d’assurer à ses utilisateurs : traçabilité des échantillons et suivi du projet.

Activités

Expertises

iMAP possède une expertise en imagerie par spectrométrie de masse sur tissus FFPE (fixés en paraffine) et sur tissus congelés. Vous pourrez donc réaliser des analyses protéomiques, lipidomique et glycomique sur :

• des coupes entières, des biopsies ou de TMAs (Tissue MicroArray) issus de blocs FFPE ;
• des coupes issus d’échantillons congelés ;
• des échantillons humains ou animaux ;
• tout type d’organes.

Grâce à ces collaborations il vous sera possible de:

• réaliser de l’imagerie multimodale en combinant l’imagerie MALDI avec les analyses histologiques et/ou immunohistochimiques (Service d’anatomie-pathologie de l’hôpital Beaujon) ;
• réaliser des traitements en bio-informatique sur mesure.

Équipements

Nous disposons du matériel nécessaire à la réalisation des coupes tissulaires (cryomicrotome, microtome), au prétraitement de vos lames (lavage, déparaffinage, démasquage antigénique …) aux acquisitions des données par spectrométrie de masse (MALDI TOF-TOF) ainsi qu’au traitement statistique des données.

Nos équipements :

• Un mMicrotome s (Leica) ;
• Un Cryostats (Leica) ;
• Une balance de précision ;
• Un spectromètre de masse type MALDI-TOF RapifleX (Bruker Daltonics) ;
• Un sprayeur de matrice TM-sprayer (HTX) ;
• Une chambre de démasquage antigénique (Biocare Medical, EUROBIO ABCYS) ;
• Un système pour dépôt de la matrice par sublimation (assemblage fait maison avec l’aide de Bruker Daltonics ®) ;
• Un scanner de lames Plustek (Aperio) ;
• Des logiciels pour le traitement des données d’imagerie MALDI : FlexImaging 4.1 et Scils Lab 2023a Pro ;
• Congélateur -80°C pour la conservation des échantillons ;
• Congélateur -20°C pour la conservation des réactifs.

Services proposés

iMAP propose des prestations d’imagerie par spectrométrie de masse in situ. Nous réalisons différentes analyses Omics : Protéomiques, Glycomique, Lipidomique, sur du tissu congelé ou FFPE. Les échantillons seront déposés sur des lames ITO (Indium Tin Oxide) 2,5×7,5 cm. La plateforme réalise principalement des cartographies moléculaires afin d’étudier la biodistribution de molécules cibles. Notre prestation démarre de la découpe de vos échantillons et se poursuit jusqu’à l’analyse des données.. Nous pouvons vous accompagner pour la mise en forme de vos données et la rédaction de publications associées.
En parallèle, iMAP réalise des colorations histologiques et immunohistochimique dans le but de proposer de l’imagerie multimodale. Des protocoles de microdissection peuvent également être réaliser lors de collaboration afin de procéder par la suite à des analyses biochimiques ou couplées à de la LC/MS (Liquid Chromatography Mass Spectrometry).