Plateforme – Étude du métabolisme de la SFR Necker

Présentation

La plateforme pour les analyses métaboliques fournit les services pour les mesures métaboliques.

L’objectif de la plateforme est d’intégrer des études métaboliques dans des projets de recherche fondamentale pour évaluer la physiologie cellulaire et organique. Notre projet découle de la nécessité de partager les équipements et l’expertise des laboratoires d’Université Paris Cité, d’Imagine et des instituts INEM en créant une infrastructure et un réseau de recherche communs. Un objectif important est d’acquérir un équipement de pointe.

Activités

Expertises

La plateforme métabolique peut aider à évaluer le métabolisme à différents niveaux:
1. activité métabolique ex vivo dans les cellules et les organoïdes (avec Seahorse Analyzer ) ;
2. niveau biochimique (en utilisant la spectrométrie de masse à haute résolution ).

Equipements

Un spectromètre de masse Orbitrap de paillasse Q Exactive Plus, équipé d’une source Ion Max et d’une sonde HESI II (Thermo Scientific). Ce système est capable de mesurer des rapports masse / charge avec moins de 5 ppm d’erreur et une résolution allant jusqu’à 140 000 et peut également collecter des données de fragmentation MS / MS.

Le spectromètre de masse est couplé à une chromatographie liquide ultra haute performance (UPLC) Dionex UltiMate 3000.

L’analyseur de flux extracellulaire Seahorse XFe 96 peut interroger simultanément les deux principales voies de production d’énergie de la cellule – respiration mitochondriale et glycolyse – dans un format de microplaque, en temps réel.

Services proposés

Analyse des métabolites à l’aide du spectromètre de masse Q Exactive Orbitrap Plus

Les méthodes de préparation des échantillons, de LC/MS et d’analyse des données varient considérablement en fonction du métabolite, du type d’échantillon et de la question biologique. Pour initier le projet, l’utilisateur doit contacter la plateforme afin d’organiser une réunion pour discuter des stratégies du plan expérimental et de la préparation des échantillons.

Les deux principales analyses sont les suivantes :
1. Analyses ciblées (~120 métabolites polaires par passage) en un seul échantillon (colonne pHILIC) ;
2. Analyses non ciblées (4 passages par échantillon (mode positif et négatif, colonnes pHILIC et C18) par échantillon.

XFe 96 Analyseur de flux extracellulaire – Seahorse

Mesures de la respiration mitochondriale (basale, maximale (traitement FCCP) et capacité respiratoire de réserve (traitement Roténone et Antimycine A), de la fonction glycolytique (glycolyse, capacité glycolytique (traitement Oligomycine), réserve glycolytique (traitement 2 Désoxy-D-glucose) ou de l’oxydation des acides gras.