Plateforme – Étude du métabolisme de la SFR Necker
Présentation
La plateforme pour les analyses métaboliques fournit les services pour les mesures métaboliques.
L’objectif de la plateforme est d’intégrer des études métaboliques dans des projets de recherche fondamentale pour évaluer la physiologie cellulaire et organique. Notre projet découle de la nécessité de partager les équipements et l’expertise des laboratoires d’Université Paris Cité, d’Imagine et des instituts INEM en créant une infrastructure et un réseau de recherche communs. Un objectif important est d’acquérir un équipement de pointe.
Activités
Expertises
La plateforme métabolique peut aider à évaluer le métabolisme à différents niveaux:
1. activité métabolique ex vivo dans les cellules et les organoïdes (avec Seahorse Analyzer ) ;
2. niveau biochimique (en utilisant la spectrométrie de masse à haute résolution ).
Equipements
Un spectromètre de masse Orbitrap de paillasse Q Exactive Plus, équipé d’une source Ion Max et d’une sonde HESI II (Thermo Scientific). Ce système est capable de mesurer des rapports masse / charge avec moins de 5 ppm d’erreur et une résolution allant jusqu’à 140 000 et peut également collecter des données de fragmentation MS / MS.
Le spectromètre de masse est couplé à une chromatographie liquide ultra haute performance (UPLC) Dionex UltiMate 3000.
L’analyseur de flux extracellulaire Seahorse XFe 96 peut interroger simultanément les deux principales voies de production d’énergie de la cellule – respiration mitochondriale et glycolyse – dans un format de microplaque, en temps réel.
Services proposés
Analyse des métabolites à l’aide du spectromètre de masse Q Exactive Orbitrap Plus
Les méthodes de préparation des échantillons, de LC/MS et d’analyse des données varient considérablement en fonction du métabolite, du type d’échantillon et de la question biologique. Pour initier le projet, l’utilisateur doit contacter la plateforme afin d’organiser une réunion pour discuter des stratégies du plan expérimental et de la préparation des échantillons.
Les deux principales analyses sont les suivantes :
1. Analyses ciblées (~120 métabolites polaires par passage) en un seul échantillon (colonne pHILIC) ;
2. Analyses non ciblées (4 passages par échantillon (mode positif et négatif, colonnes pHILIC et C18) par échantillon.
XFe 96 Analyseur de flux extracellulaire – Seahorse
Mesures de la respiration mitochondriale (basale, maximale (traitement FCCP) et capacité respiratoire de réserve (traitement Roténone et Antimycine A), de la fonction glycolytique (glycolyse, capacité glycolytique (traitement Oligomycine), réserve glycolytique (traitement 2 Désoxy-D-glucose) ou de l’oxydation des acides gras.
Plateformes dans la même thématique
Plateforme de Verrerie Scientifique et Technique de l’UFR de chimie
Au sein de cette plateforme technique sont produits des prototypes, des pièces uniques ou de petites séries de fabrication spéciale pour les unités de recherche qui utilisent le verre et ses dérivés dans leurs travaux.
Plateforme d’Analyses Moléculaires et Structurales (PAMS)
La plateforme d’Analyses Moléculaires et Structurales (AMS) propose ses services aux laboratoires de recherche académique et industrielle.
Plateforme de microscopie confocale Raman et AFM de MPQ
La plateforme Raman AFM du Laboratoire Matériaux et Phénomènes Quantiques (MPQ) propose le microscope Raman confocal droit couplé à un microscope à force atomique.
Analyse du métabolisme chez le petit animal : Métabol’IC de l’Institut Cochin
La vocation de la plateforme Métabol’IC est d’offrir aux scientifiques une caractérisation exhaustive des composantes de l’homéostasie énergétique de la cellule au petit animal
Cordeliers Genotyping & Biochemistry (CGB) du CRC
Le CGB (Centre de Génotypage et de Biochimie) du Centre de Recherche des Cordeliers (CRC) assure une prestation de service en génotypage et la mise à disposition d’appareils et matériel de biologie moléculaire et de biochimie. Ses infrastructures, ses équipements et le support scientifique et technique de son personnel sont à la disposition de tous les membres du CRC, de ses Universités de tutelle (Université Paris Cité et Sorbonne Université) ainsi qu’aux autres utilisateurs académiques ou privés. Les activités de génotypage du CGB sont engagées dans une démarche qualité depuis 2013 et sont certifiées iso 9001:v2015 et NFX-50-900. Le CGB est sous la responsabilité d’un responsable technique et opérationnel, Hermine Kakanakou.
Plateforme de Biochimie du CRI
La plateforme de Biochimie & métabolisme du petit animal associée au Centre d’Explorations Fonctionnelles Intégré (CRI, UMR 1149, http://www.cri1149.fr/les-plateformes/), UFR de Médecine à Université Paris Cité existe depuis 1999.
Plateforme de spectroscopie et d’imagerie RPE
La plateforme appartient au Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (UMR 8601), unité mixte de recherche CNRS/Université Paris Cité et est localisée sur le campus Saint Germain des Prés
Service de spectrométrie de Masse du LCBPT
Le service de spectrométrie de masse du Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques est une plateforme implantée au sein du Campus Saint Germain dont l’usage principal est la caractérisation et quantification de petites molécules organiques et/ou de petites biomolécules (nucléotides, peptides). Cette plateforme est dotée de trois spectromètres de masse couplés à de la chromatographie liquide et un spectromètre couplé à de la chromatographie en phase gazeuse. L’ensemble de ces matériels est géré par un assistant ingénieur, Patrice Gerardo, qui effectue un peu plus de 10 000 analyses de routine par an. Il assure également la mise au point et le développement de techniques et méthodes analytiques nouvelles.