Plateforme de Transcriptomique Plante de Paris-Saclay, POPS

Présentation

La plateforme de transcriptomique des Plantes de Paris Saclay (POPS) propose depuis 2003 des services d’analyse du transcriptome des plantes à la communauté scientifique académique ou industrielle nationale ou internationale. Composée de techniciens, de biologistes, de bio-informaticiens et de statisticiens, elle est hébergée par l’Institut de Science des Plantes de Paris-Saclay sur le plateau de Saclay.
La plateforme POPS a pour mission de mutualiser des équipements, des compétences, des outils et des services afin de les proposer à une communauté scientifique publique ou privée, offrant ainsi une expertise forte et une offre intégrée dans le domaine de la transcriptomique végétale.

Les 3 axes de la plateforme transcriptomique sont :

• Service intégré à façon
• Développement
• Formation et animation scientifique

Elle est labellisée IBiSA et Infrastructure Scientifique Collective par INRAE. Elle fait partie du Réseau France Génomique et elle est certifiée ISO9001 depuis 2013.

Activités

Expertises

La plateforme transcriptomique POPS réalise des projets d’étude du transcriptome en collaboration avec des équipes de recherche nationales et internationales. Elle offre une expertise pour l’analyse de l’expression comparative des gènes par l’utilisation du séquençage à haut débit de l’ARN, ou RNA-seq. Cette offre est complétée par l’analyse bio-informatique et statistique des données brutes permettant l’étude quantitative du transcriptome.

• Conception du projet en interaction avec le collaborateur (technologie, planification, …).
• Réalisation technique et production des données RNAseq.
• Analyses bio-informatiques et statistiques adaptées pour fournir des résultats exploitables.
• Interprétation des résultats.
• Prise en charge de la soumission dans les bases de données.

Points forts

• Versatilité : Diversité des organismes, Pluralité d’échantillons (type de culture, type d’organes, tissus …). Adaptabilité au nombre d’échantillons (test, moyen et haut débit).
• Interlocuteur dédié pour votre projet.
• Pipelines d’analyses bioinformatiques et statistiques développés spécifiquement pour nos applications.

Equipements

• bioanalyzer
• Fragment Analyzer
• Covaris
• Clariostar
• robot pipeteur Biomek FX
• Illumina NextSeq500
• Accès aux séquenceurs Illumina NovaSeq du CNS (Evry)
• Nanopore P2 solo
• cluster de calcul

Services proposés

Applications proposées

• Séquençage orienté des ARN polyAdenylés (le brin codant).
• Séquençage non orienté des ARN polyAdenylés.
• Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA …
• Séquençage de longs fragments (projets collaboratifs)
• Séquençage orienté des ARN non polyAdenylé (déplétion).
• Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 75pg d’ARN total).
• Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon.
• Empreintes.
• Cellule unique : en cours de développement.

Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques.

Options de séquençage

• Séquenceur NextSeq 500
• Accès aux séquenceurs HiSeq (CEA-CNS, Evry)
• Single Read ou Paired-End
• Longueurs de séquençage : 75, 100, 150 bases

Analyses bioinformatiques et statistiques

• Mapping
• Analyse différentielle de gènes
• Assemblage
• Traitement des smallRNA

Autres analyses possibles en collaboration avec l’équipe Réseaux Génomiques