Epigénomique Fonctionnelle de l’Epigénétique & Destin cellulaire
Présentation
Elle a pour objectifs de développer des techniques relatives à l’analyse de l’épigénome, d’assurer la mise à disposition des équipements disponibles, de former le personnel à l’utilisations de ces appareils, de former le personnel à l’utilisation des appareils et de réaliser des prestations de service (en interne/en externe).
Activités
Expertises
La plateforme offre un accompagnement dans le design, la réalisation et dans l’interprétation d’expériences en épigénétique, et plus particulièrement dans l’analyse de la méthylation de l’ADN et des modifications post-traductionnelles des histones.
Équipements
Pour la quantification et le contrôle qualité des échantillons
- Electrophorèse capillaire – Bioanalyzer 2100 – Agilent
Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN ; - Electrophorèse – TapeStation 2200 – Agilent
Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN ; - Spectrophotomètre à UV et fluoromètre – DS11-FX – DeNovix
Contrôle qualité et quantification des échantillons d’ADN et d’ARN ; - Fluoromètre – QuBit 2.0 – Life Technologies
Quantification des échantillons d’ADN et d’ARN.
Pour la préparation des échantillons
- Robot pipetteur – EVO 100 – Tecan
Préparation de plaques qPCR 384 et 96 puits de façon automatisée ; - Sonicateur – Bioruptor Pico – Diagenode
Sonication d’ADN génomique et de chromatine sous température contrôlée ; - QIAcube – Qiagen
Préparation automatisée de colonnes de purification Qiagen ; - Système automatisé IP-Star – Diagenode
Automatisation de protocole d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), de l’ADN méthylé (MeDIP) ou hydroxyméthylé (hMeDIP) ; - KingFisher Apex, Thermofisher
Automatisation de protocoles utilisant des billes magnétiques (extraction ADN, ARN, Immunoprécipitation).
Pour l’analyse des échantillons
- qPCR Viia7 and QS6Pro – Applied Biosystems
Systèmes de PCR quantitative, blocs 384 et 96 puits ; - Pyroséquenceurs – PyroMark Q24 & Q48 – Qiagen
Séquençage rapide pour l’analyse de la méthylation de l’ADN et de mutations (SNPs, insertions-délétions, génotypage).
Services proposés
Pour l’analyse de la méthylation de l’ADN, nous proposons différentes techniques dépend du niveau de précision nécessaire :
- LUMA (LUminometric Methylation Assay)
Technique permettant l’analyse globale de la méthylation de l’ADN ;
Détermination du niveau de méthylation rapide et quantitative ; - MeDIP-qPCR ou hMeDIP (Methylated or hydroxyMethylated DNA ImmunoPrecipitation coupled with qPCR) ;
Enrichissement d’ADN génomique fragmenté en utilisant un anticorps spécifique de la 5mC ou de 5hmC ; - Bisulfite-Pyroséquençage ;
Analyse et quantification précise du niveau de méthylation d’un ou plusieurs CpG consécutifs.
Pour l’analyse des marques d’histones, nous réalisons des prestations de CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease).
Cette technique permet d’étudier les interactions protéines-ADN dans le contexte chromatinien naturel de la cellule, sans fixation au préalable.
Thématiques
Contact
Plateforme Epigenomique Fonctionnelle
35 rue Hélène Brion
75013, Paris
parisepigenetics.pf@gmail.com
Site web
Tutelles
Université Paris Cité, CNRS
Unités de rattachement
Epigénétique et Destin Cellulaire – UMR 7216
Plateformes dans la même thématique
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Analyses cellulaires multidimensionnelles de l’UAR3612 P-MIM
La plateforme Analyses Cellulaires Multidimensionnelles est une plateforme qui permet l’analyse des cellules à différents niveaux : expressions et activité de protéines à la surface de, dans et par la cellule. Elle appartient à l’Unité de service “Plateformes Mutualisées de l’Institut du Médicament” labellisée US25 Inserm, UAR 3612 CNRS, située à la Faculté de Pharmacie de Paris, à proximité immédiate des nombreux centres de recherche de Paris. Ouverte à la communauté scientifique académique et privée, elle met son expertise et ses équipements au service des chercheurs.