Epigénomique Fonctionnelle de l’Epigénétique & Destin cellulaire

Présentation

Activités

Expertises

La plateforme offre un accompagnement dans le design, la réalisation et dans l’interprétation d’expériences en épigénétique, et plus particulièrement dans l’analyse de la méthylation de l’ADN et des modifications post-traductionnelles des histones.

Équipements

Pour la quantification et le contrôle qualité des échantillons

• Electrophorèse capillaire – Bioanalyzer 2100 – Agilent
  Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN ;
• Electrophorèse – TapeStation 2200 – Agilent
  Contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN ;
• Spectrophotomètre à UV et fluoromètre – DS11-FX – DeNovix
  Contrôle qualité et quantification des échantillons d’ADN et d’ARN ;
• Fluoromètre – QuBit 2.0 – Life Technologies
  Quantification des échantillons d’ADN et d’ARN.

Pour la préparation des échantillons

• Robot pipetteur – EVO 100 – Tecan
  Préparation de plaques qPCR 384 et 96 puits de façon automatisée ;
• Sonicateur – Bioruptor Pico – Diagenode
  Sonication d’ADN génomique et de chromatine sous température contrôlée ;
• QIAcube – Qiagen
  Préparation automatisée de colonnes de purification Qiagen ;
• Système automatisé IP-Star – Diagenode
  Automatisation de protocole d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), de l’ADN méthylé (MeDIP) ou hydroxyméthylé (hMeDIP) ;
• KingFisher Apex, Thermofisher
  Automatisation de protocoles utilisant des billes magnétiques (extraction ADN, ARN, Immunoprécipitation).

Pour l’analyse des échantillons

• qPCR Viia7 and QS6Pro – Applied Biosystems
  Systèmes de PCR quantitative, blocs 384 et 96 puits ;
• Pyroséquenceurs – PyroMark Q24 & Q48 – Qiagen
  Séquençage rapide pour l’analyse de la méthylation de l’ADN et de mutations (SNPs, insertions-délétions, génotypage).

Services proposés

Pour l’analyse de la méthylation de l’ADN, nous proposons différentes techniques dépend du niveau de précision nécessaire :

• LUMA (LUminometric Methylation Assay)
  Technique permettant l’analyse globale de la méthylation de l’ADN ;
  Détermination du niveau de méthylation rapide et quantitative ;
• MeDIP-qPCR ou hMeDIP (Methylated or hydroxyMethylated DNA ImmunoPrecipitation coupled with qPCR) ;
  Enrichissement d’ADN génomique fragmenté en utilisant un anticorps spécifique de la 5mC ou de 5hmC ;
• Bisulfite-Pyroséquençage ;
  Analyse et quantification précise du niveau de méthylation d’un ou plusieurs CpG consécutifs.

Pour l’analyse des marques d’histones, nous réalisons des prestations de CUT&RUN (Cleavage Under Targets & Release Using Nuclease).
Cette technique permet d’étudier les interactions protéines-ADN dans le contexte chromatinien naturel de la cellule, sans fixation au préalable.