Plateforme Protéomique SFR Necker (PPN) de la SFR Necker

Présentation

Fondée en 2006, la plateforme PPN fait partie de la SFR Necker et du réseau des plateformes protéomiques de l’Université Paris Cité. Au cœur d’un centre hospitalo-universitaire d’excellence, elle offre une technologie et une expertise de pointe pour mieux comprendre les maladies (analyse des PTMs, protéomique différentielle et d’interaction) et identifier des biomarqueurs diagnostiques ou pronostiques dans les fluides corporels par spectrométrie de masse (LC-MS/MS à haut débit, analyse des vésicules extracellulaires).

Activités

Expertises

Grâce à son interaction avec le Translational proteomics research lab, la plateforme développe des approches innovantes de protéomique translationnelle en vue de leur application à la recherche clinique et de leur transfert dans les pratiques hospitalières. Elle est ouverte aux instituts de recherche, aux services cliniques et au secteur privé, en France et à l’étranger.

Le parc instrumental de la plateforme a été renouvelé en 2021 et comprend désormais un spectromètre de masse timsTOF Pro, couplé aux systèmes Evosep One et nanoElute, et dédié à l’analyse et à la quantification de protéines à haut débit. Elle dispose également d’un instrument d’interférométrie de biocouches (BLI) pour les mesures d’interactions moléculaires.

Equipements

Moyens et équipements
Spectromètre de masse timsTOF Pro MS (Bruker) pouvant être couplé aux systèmes de nanochromatographie Evosep One (Evosep) ou nanoElute (Bruker),
Spectromètre de masse Q Exactive Plus Orbitrap couplé à un système nanoRSLC (Thermo Scientific),
Spectromètre de masse TQS Xevo (Waters) couplé à un système UPLC partagé avec la plateforme de spectrométrie de masse de l’Hôpital Necker,
Équipement 1D et 2D PAGE (Bio-Rad),
OFFGEL Fractionator (Agilent),
Station ImagePrep (Bruker),
Logiciels Mascot, MaxQuant, DIA-NN, Perseus, RStudio, Ingenuity, AmiGO…

Services proposés

Conseil et conception de stratégies adaptées aux projets,
Identification de protéines dans des échantillons simples ou complexes,
Identification et quantification de protéines (label free, SILAC, iTRAQ),
Quantification absolue de protéines (MRM et PRM),
Analyse protéomique de fluides corporels et de vésicules extracellulaires (urine, LBA, sueur, plasma, liquide amniotique, LCR),
Analyse statistique et bioinformatique,
Analyse biologique et visualisation des réseaux d’interaction de protéines,
Identification de nouvelles interactions protéine-protéine, ARN-protéine et ADN-protéine,
Identification et quantification de modifications post-traductionnelles (acétylation, glycosylation, phosphorylation),
N-terminomique par la méthode TAILS.