Plateforme Génomique de l’Institut Imagine – SFR Necker

Présentation

Activités

Expertises

En collaboration avec la plateforme bioinformatique du site qui analyse les données produites, la plateforme génomique a développé une expertise dans les applications suivantes du NGS :

• Séquençage de l’exome (standard, cancer) ;
• Re-séquençage ciblé à l’aide de panels de gènes d’intérêt (approche de capture par hybridation) ;
• Séquençage du génome entier ;
• Amplicon-Sequencing (approche par ligation pour diverses application (exemple : contrôles de qualité effectués suite à la mutagenèse médiée par CRISPR-Cas9, analyse des révertants) ;
• Analyse transcriptomique : mRNAseq Profiling (15-20 millions de lectures), mRNAseq Transcriptome (50 millions de lectures), Transcriptome mRNAseq – petite quantité d’ARN total (<50 ng/µl, 50 millions de lectures) ;
• Séquençage de banques déjà préparées par les utilisateurs sur NovaSeq6000, Illumina.

Équipements

La plateforme de génomique qui a acquis son premier séquenceur de nouvelle génération en 2010 a augmenté et adapté ses capacités de séquençage au fil du temps.
Depuis 2019, la plateforme génomique dispose d’un NovaSeq6000 (Illumina, technologie de lecture courte) et d’un iSeq100 (Illumina). Ce dernier est principalement utilisé pour les contrôles de qualité des banques de NGS.
Autres équipements : Fragmentation d’ADN : Covaris E220, Electrophorèse capillaire : Fragment Analyzer (Proteigene), Tape Station 2200 (Agilent Technologies), Femto Pulse (Agilent Technologies), Mesure des acides nucléiques : spectrophotomètre Xpose (Trinean), fluorimètre QuBit (Invitrogen), PCR en temps réel StepOnePlus (Life Technologies).

Services proposés

La plateforme propose :

• Une aide au design expérimental ;
• Le contrôle qualité des échantillons d’ADN et d’ARN ;
• La construction de banques de NGS pour certaines applications, l’amplification clonale et le séquençage avec des séquenceurs de nouvelle génération ;
• Le contrôle qualité et le séquençage de différents types de banques de NGS ;
• L’analyse des données primaires et le transfert vers l’installation de bioinformatique pour une analyse plus approfondie des données.

Applications proposées

Préparation de banques et séquençage pour les applications suivantes :

• Séquençage de l’exome (standard, cancer) ;
• Séquençage du génome entier ;
• Re-séquençage ciblé à l’aide de panels de gènes d’intérêt (approche de capture par hybridation) ;
• Amplicon-Sequencing (approche par ligation pour diverses application (exemple : contrôles de qualité effectués suite à la mutagenèse médiée par CRISPR-Cas9, analyse des révertants) ;
• Analyse transcriptomique : mRNAseq Profiling (15-20 millions de lectures), mRNAseq Transcriptome (50 millions de lectures), Transcriptome mRNAseq – petite quantité d’ARN total (<50 ng/µl, 50 millions de lectures).
• Séquençage de banques déjà préparées par les utilisateurs sur NovaSeq6000, Illumina : banques de Single Cell (10X Genomics et autres technologies de séquençage sur cellules uniques), banques de ChIP-Seq, de CUT&Tag, d’ATAC-Seq, de Hi-C…