Plateforme d’histologie et d’Imagerie in situ du PARCC

Présentation

L’étude de la structure, de l’intégrité et de l’organisation spatiale des tissus et des cellules est l’une des clés de la compréhension des sciences de la vie. En ce sens, l’histologie joue un rôle crucial dans la recherche biomédicale, car elle étudie les changements morphologiques et biochimiques qui se produisent dans les cellules lors de processus pathologiques.

L’objectif de l’histologie est d’observer et d’analyser ce que l’on voit au microscope. Dans toute étude histologique, nous procédons en 4 étapes :
1) le choix de l’échantillon à étudier
2) les techniques pour visualiser les structures et les phénomènes d’intérêt
3) la production d’images de haute qualité
4) la description et l’interprétation de ces images

Afin de mener à bien vos projets d’histologie, d’imagerie et d’analyse d’images, la plateforme met à disposition les ressources matérielles, techniques et humaines nécessaires à la réalisation de ces projets. Notre plateforme est ouverte aux équipes PARCC mais aussi aux équipes externes, institutionnelles ou privées.

Activités

Expertises

Au-delà de son expertise sur les techniques d’histologie et d’immunohistochimie sur tout type de tissu, la plateforme a développé ses dernières années un savoir-faire sur les technologies de marquages multiplex en fluorescence ainsi que l’analyse de ses différentes populations cellulaires infiltrant ou composant le tissu et plus particulièrement dans des contextes oncologique, pathologique et inflammatoire.
En 2015, la plateforme a été la première en France à faire l’acquisition d’un scanner à imagerie spectrale (Vectra-Akoya®). Cette technologie permettant une analyse séparée et combinée, de plus de 7 fluorochromes a permis à la plateforme de développer différents panels de marquages multiplex avec la technologie d’amplification à la tyramide de chez OPAL-Akoya®. Aussi, sur ses techniques, la plateforme assure une reproductibilité et un contrôle complet de chaque test.

La plateforme a également développé son expertise dans l’analyse d’image avec des logiciels de machine learning et d’intelligence artificielle (Inform® et HALO®) ou nous proposons la construction d’algorithmes permettant la quantification de structures ou de cellules, la caractérisation phénotypique de cellules, la reconnaissance de structures et l’étude de l’environnement dans les tissus afin d’identifier la proximité et la distribution spaciale relative d’objet ou de cellule.

Equipements

– Automate de déshydratation (Shandon Excelsior)
– Station d’enrobage en paraffine (Leica)
– 2 Microtomes (Leica)
– 3 cryostats (2 Leica et 1 MMFrance)
– Station de coloration et monteuse de lamelle associée permettant la standardisation des colorations courantes telles que HE – HES – Rouge Sirius – Trichrome de Masson – PAS – BA – Orcéine
– Automate d’Immunohistochimie (BondRX Leica) dédié à la recherche permettant d’automatisé les ISH, IHC, FISH, RNAscope et Multiplexing en chromogène et fluorescence.
– Microscope spectral Vectra™ (Akoya) est un système capable de séparer et d’imager jusqu’à sept fluorophores sur une même coupe sans overlap. Ce système intègre un logiciel d’analyse d’image inForm®
– Microscope champ large à fluorescence avec fonction « Apotome » avec système d’acquisition d’image (Zeiss – DAPI – FITC – CY3 – Texas Red – CY5)
– Microscope champ large inversé en lumière transmise, fluorescence et contraste de phase avec système d’acquisition d’image (Leica- DAPI – FITC – CY3 – CY5)
– Microscope champ large inversé en lumière transmise et polarisée avec système d’acquisition d’image (Nikon)
– Scanner de lame haut débit en lumière transmise, polarisée et en fluorescence (Olympus – DAPI – FITC – CY3 -CY5 – CY7) avec 3 objectifs : x20 ((NA 0,8), x40 (NA 0,95) et x60 à immersion (NA 1,42)
Plateforme d’analyse d’images pour l’analyse quantitative des tissus HALO® (IndicaLab) développant des algorithmes de machine learning et d’intelligence artificielle

Services proposés

La plateforme d’histologie PARCC assure :

La mise en œuvre technique de l’histologie de routine (imprégnation-inclusion-section-coloration-immunohistochimie-acquisition de lames virtuelles-analyse d’images).
Le développement et la mise au point de protocoles d’immunomarquage sur automate LEICA fond clair ou fluorescence.
Formations théoriques et pratiques aux différents postes de travail disponibles à la réservation et aux techniques d’histologie.
Conseils et suivi des utilisateurs.
Participation à l’interprétation/analyse des lames

SERVICES :
La plateforme a la volonté de former les utilisateurs afin qu’ils puissent réaliser leurs propres études de manière autonome, tout en bénéficiant de l’expérience et de la technologie de cette plateforme. La personne formée peut alors accéder aux différents postes de travail de la plateforme.
La plateforme peut également vous apporter une aide pour développer vos protocoles en immunohistochimie ou pour améliorer vos différentes colorations.
La plateforme peut prendre en charge vos échantillons à toutes les étapes du processus histologique en fonction de votre demande. De l’imprégnation des tissus en paraffine à l’acquisition des lames pour quantification et analyse, en passant par la coupe au microtome, la coloration et l’immunomarquage (fond clair ou fluorescence, coloration simple ou multiple).