BioEmergences – Reconstruction des dynamiques multiéchelles dans la morphogenèse de MSC

Présentation

La plateforme répond au besoin de l’imagerie et de la reconstruction des processus de la morphogenèse d’organismes vivants en développement. Il s’agit d’imager des specimens vivants en 3 dimensions et en continu : embryons, organoides, cultures cellulaires 3D, microorganismes, dans le but d’observer, de quantifier et d’analyser les comportements cellulaires et l’émergence de patterns. BioEmergences- IBiSA est unique par l’offre d’un tel service pour des projets qui peuvent exiger plusieurs centaines ou milliers d’heures d’imagerie. La quantification des comportements cellulaires nécessite l’analyse des images par des algorithmes spécifiques qui réalisent la détection des cellules, la segmentation des formes et le suivi des trajectoires. BioEmergences-IbiSA est unique pour le couplage de l’imagerie à un webservice pour l’accès à une base de données relationnelle, la manipulation des données par IRODS et le traitement des images au moyen d’un workflow de plus de 40 algorithmes parallélisés, développés par notre équipe R&D (partenaire du nœud Paris Centre France BioImaging FBI) et ses collaborateurs (projets CE 2006-2022). La base de données BioEmergences regroupe le travail de 35 équipes, 120 utilisateurs, 2000 expériences, 780 millions de cellules détectées, 350 To de données décompressées, 500 000 annotations manuelles (cellules détectées, divisions cellulaires). Elle constitue une base d’apprentissage unique pour les stratégies de deep-learning.

Activités

Expertises

Nous sommes experts dans le montage, le marquage fluorescent et l’observation de systèmes vivants animaux ou végétaux en imagerie 3D+temps, vidéomicroscopie Nomarski ou épifluorescence, microscopie confocale, microscopie multiphotonique, feuille de lumière.
Nous proposons l’accès à une base de données relationnelle pour images 3D+temps, le stockage de données, l’accès à un workflow d’analyse d’images pour la détection, le suivi et la segmentation des cellules et des formes.

Equipements

Balayage laser multiphoton (5 configurations), feuille de lumière (2 configurations), microscopie confocale (1 configuration), vidéomicroscopie (3 configurations), imagerie par bioluminescence (1 configuration), base de données relationnelle, stockage de données, calcul, station de visualisation interactive (logiciel Mov-IT).

Services proposés

Nous sommes disponibles pour toute étude de faisabilité et proposition de stratégies dans nos domaines d’expertises.
Nous proposons la prise en charge de toutes les étapes de ménipulation et d’imagerie nécessitées par les projets pour lesquels nous nous engageons.
Nous proposons l’accès à notre webservice pour le traitement, l’annotation et l’analyse des données 3D+temps.
Nous proposons des formations pour l’utilisation du webservice et du logiciel de visualisation interactive Mov-IT.