BioEmergences – Reconstruction des dynamiques multiéchelles dans la morphogenèse de MSC
Présentation
La plateforme répond au besoin de l’imagerie et de la reconstruction des processus de la morphogenèse d’organismes vivants en développement. Il s’agit d’imager des specimens vivants en 3 dimensions et en continu : embryons, organoides, cultures cellulaires 3D, microorganismes, dans le but d’observer, de quantifier et d’analyser les comportements cellulaires et l’émergence de patterns. BioEmergences- IBiSA est unique par l’offre d’un tel service pour des projets qui peuvent exiger plusieurs centaines ou milliers d’heures d’imagerie. La quantification des comportements cellulaires nécessite l’analyse des images par des algorithmes spécifiques qui réalisent la détection des cellules, la segmentation des formes et le suivi des trajectoires. BioEmergences-IbiSA est unique pour le couplage de l’imagerie à un webservice pour l’accès à une base de données relationnelle, la manipulation des données par IRODS et le traitement des images au moyen d’un workflow de plus de 40 algorithmes parallélisés, développés par notre équipe R&D (partenaire du nœud Paris Centre France BioImaging FBI) et ses collaborateurs (projets CE 2006-2022). La base de données BioEmergences regroupe le travail de 35 équipes, 120 utilisateurs, 2000 expériences, 780 millions de cellules détectées, 350 To de données décompressées, 500 000 annotations manuelles (cellules détectées, divisions cellulaires). Elle constitue une base d’apprentissage unique pour les stratégies de deep-learning.
Activités
Expertises
Nous sommes experts dans le montage, le marquage fluorescent et l’observation de systèmes vivants animaux ou végétaux en imagerie 3D+temps, vidéomicroscopie Nomarski ou épifluorescence, microscopie confocale, microscopie multiphotonique, feuille de lumière.
Nous proposons l’accès à une base de données relationnelle pour images 3D+temps, le stockage de données, l’accès à un workflow d’analyse d’images pour la détection, le suivi et la segmentation des cellules et des formes.
Equipements
Balayage laser multiphoton (5 configurations), feuille de lumière (2 configurations), microscopie confocale (1 configuration), vidéomicroscopie (3 configurations), imagerie par bioluminescence (1 configuration), base de données relationnelle, stockage de données, calcul, station de visualisation interactive (logiciel Mov-IT).
Services proposés
Nous sommes disponibles pour toute étude de faisabilité et proposition de stratégies dans nos domaines d’expertises.
Nous proposons la prise en charge de toutes les étapes de ménipulation et d’imagerie nécessitées par les projets pour lesquels nous nous engageons.
Nous proposons l’accès à notre webservice pour le traitement, l’annotation et l’analyse des données 3D+temps.
Nous proposons des formations pour l’utilisation du webservice et du logiciel de visualisation interactive Mov-IT.
Thématiques
Contact
BIoEmergences-IBiSA
10 rue Alice Domon et Léonie Duquet
75013 Paris
nadine.peyrieras@cnrs.fr
thierry.savy@cnrs.fr
Site web
Tutelles
CNRS, Université Paris Cité
Unité de rattachement
Matière et Systèmes Complexes – UMR 7057
Réseaux
FBI
Labellisation
IBISA
Plateformes dans la même thématique
Plateforme IMOSCAR
La plateforme d’imagerie IMOSCAR est spécialisée dans les recherches sur le domaine des os et des articulations, avec une forte relation avec la recherche clinique.
VIRTUALIA
La plateforme Virtualia est née du besoin de faire converger, dans les domaines des Neurosciences, Neuropsychologie et sciences cognitives, l’expérimentation comportementale de laboratoire avec l’expérimentation physiologique en modifiant son contexte pour le rendre plus écologique.
Plateforme d’appui à la recherche et de ressources sur l’Asie Orientale, PARRAO
Hébergée à la bibliothèque de l’UFR LCAO, la plateforme PARRAO est active depuis le début des années 2010.
Plateforme IMAG’IC
La plateforme d’imagerie cellulaire IMAG’IC située en plein cœur de Paris est labellisée Gis Ibisa, France-BioImaging, EuroBioimaging et certifiée ISO 9001.
Plateforme Modulation et Adaptation du Corps en Action (MACA)
La plateforme MACA a pour objectif principal de mesurer le corps en action par des explorations fonctionnelles (physiologie), des capteurs de force, des capteurs de mouvement : la spécificité est utilisation de la réalité augmentée, de la réalité virtuelle pour analyser la sensori-motricité et ses émotions avec des recherches sur la perception du corps vécu (Intéroception).
Plateforme “Géotéca” : Géomatique, Télédétection, Cartographie
Géotéca vise à mettre en commun les compétences et les matériels dédiés à l’analyse des images de télédétection et des données spatialisées, dans toutes les disciplines utilisant ces techniques, depuis les sciences humaines jusqu’aux sciences de la Terre et des planètes.
Plateforme d’Imageries du vivant – Site Cochin
La plateforme Imageries du Vivant de l’Institut Cochin offre un service d’imagerie in vivo du petit animal. Le site de Cochin dispose d’outils d’échographie du petit animal, (utilisant des appareils d’imagerie ultrasonore haute résolution) et d’imagerie de luminescence (fluorescence et/ou bioluminescence corps entier in vivo).
Plateforme d’Imageries du Vivant – Site PARCC
La Plateforme d’Imageries du Vivant d’Université Paris Cité regroupe des équipes d’imagerie réparties sur sept unités de recherche. Chaque site est équipé d’instruments à la pointe de la recherche en imagerie in vivo. La Plateforme d’Imageries du Vivant – Site PARCC est dédiée à l’imagerie du petit animal.