Plateforme de cytométrie de la SFR Necker

Présentation

La plateforme de cytométrie de la SFR Necker met à disposition des scientifiques du site Necker et plus largement à la communauté scientifique académique ou industrielle, des ressources et des compétences dédiées au tri cellulaire et à l’analyse par cytométrie en flux.
Le personnel de la plateforme assiste, conseille, forme les utilisateurs et propose son expertise pour accompagner les chercheurs à la mise au point et le développement des projets de cytométrie.

Activités

Expertises

La cytométrie permet l’analyse multi-paramétrique très rapide de chaque cellule individualisée et en suspension au sein d’un échantillon, qui peut être constitué de plusieurs types cellulaires différents. Les cytomètres trieurs de la plateforme sont capables de collecter les sous-populations cellulaires identifiées (4 sous-populations peuvent être collectées simultanément), voire de déposer une cellule unique spécifique et identifiée dans chacun des puits de plaques 96 ou 384 puits à des fins de clonage ou d’analyses au niveau de la cellule unique.

Applications de cytométrie réalisées sur la plateforme :
• phénotypage (jusqu’à 40 paramètres analysés simultanément)
• analyse des cellules transfectées (rapporteurs fluorescents GFP, mCherry, dTomato)
• analyse des cellules souches hématopoïétiques « Side Population » (Hoechst 33342)
• analyse du cycle cellulaire (IP, Hoechst33342, incorporation de nucleosides : BrdU, EdU, Marquage de l’ARN avec la Pyronine), étude du cycle cellulaire avec les indicateurs colorés (rouge et vert) génétiquement encodés FUCCI
• analyse de la mort cellulaire par apoptose
• étude des paramètres vitaux de la cellule : prolifération cellulaire (CFSE), potentiel membranaire mitochondrial (JC-1, DiOC2, MitoTracker), activité enzymatique, intégrité membranaire (IP, colorants Sytox,7-AAD), étude des voies de signalisation (phospho-protéines)
• dosages multiplex (cytokines)
• étude du flux calcique (Indo-1)
• analyses en microbiologie

Equipements

Au sein d’une zone de confinement L2, la plateforme dispose de 3 cytomètres trieurs, de 2 cytomètres analyseurs dont un analyseur spectral, et d’un laboratoire dédié au tri d’échantillons infectés par des pathogènes de classe 2.

• Trieurs BD FACS AriaII SORP et BD FACS Aria IIIu : 4 et 5 sources d’excitation, capables de détecter 16 et 18 paramètres différents pour chaque cellule en plus des caractéristiques morphologiques (taille et granulosité relatives) de la cellule. Equipés d’un automate permettant de déposer une cellule unique spécifique et identifiée dans chacun des puits de plaques 96 ou 384 puits
• Trieur SONY SH800 : 3 sources d’excitation, peut détecter 6 paramètres différents pour chaque cellule en plus des caractéristiques morphologiques de la cellule
• Trieur SONY MA900, confiné sous PSMII, dédié au tri d’échantillons infectés par des pathogènes de classe 2. Equipé de 4 lasers et capable de détecter 12 paramètres cellulaires en plus des caractéristiques morphologiques de la cellule. Intègre un automate permettant de déposer une cellule unique spécifique et identifiée dans chacun des puits de plaques 96 ou 384 puits
• Analyseur BD LSR Fortessa SORP équipé de 5 sources d’excitation, peut détecter 18 paramètres différents pour chaque cellule en plus des caractéristiques morphologiques de la cellule
• Analyseur spectral SONY ID7000 équipé de 5 lasers, peut détecter simultanément 40 paramètres. Equipé d’un échantillonneur de tubes et de plaques

Services proposés

• Réalisation des expériences de tri cellulaire et d’analyse par la technique de cytométrie en flux pour les utilisateurs non autonomes
• Assistance, conseil et formation à la cytométrie et à l’utilisation des cytomètres et des logiciels d’analyses (FACSDiva, Sony, Flow-Jo, Kaluza et OMIQ)
• Mise au point et optimisation des applications et des protocoles expérimentaux de la cytométrie
• Elaboration des panels multi-couleurs
• Aide à l’analyse, l’interprétation des données et la présentation des résultats