Plateforme Proteom’IC 3P5

Présentation

La plateforme possède une grande expertise dans l’analyse quantitative globale et développe des méthodes pour la quantification absolue des protéines à haut débit. Elle prend en charge in extenso les analyses qui lui sont confiées, depuis l’extraction des protéines pour l’analyse nanoLC-MS/MS, jusqu’aux analyses statistiques et fonctionnelles. Elle prend également en charge des analyses fonctionnelles pour des projets de transcriptomique et de métabolomique avec la possibilité de réaliser des analyses intégrées.
Proteom’IC réalise une veille technologique permanente pour offrir à ses utilisateurs les méthodes d’analyse les plus performantes.
La plateforme a une expertise pour ses compétences en préparation et en analyse de protéomes de cellules sanguines normales ou pathologiques.

Activités

Expertises

Les échantillons analysés peuvent être de nature très variée tels que des culots cellulaires, tissus, vésicules, sécrétomes, plasma, coupes FFPE, bandes de gel 1D. Il est possible de réaliser :

• des analyses comparatives de protéomes globaux avec quantification relative ou absolue ;
• des analyses comparatives de phosphorylations de protéomes globaux ;
• des recherches de partenaires de protéines, d’ADN ou d’ARN avec analyses comparatives entre différentes conditions ;
• des identifications et caractérisations de protéines.

Pour ces analyses, la plateforme utilise l’approche “”bottom up”” combinée avec les techniques de quantification “”Label Free””, SILAC, iTRAQ, TMT.
Les protéines différentiellement exprimées ou modifiées sont identifiées à l’aide d’analyses statistiques réalisées sur la plateforme.
Les analyses fonctionnelles peuvent être réalisées à partir de données de protéomique, transcriptomique ou métabolomique dans un contexte intégratif. Elles permettent de donner un sens biologique à des profils d’expression, à des listes de molécules différentielles ou à des interactomes. La plateforme propose :

des analyses de sur-représentation de termes à l’aide du logiciel Ingenuity incluant le statut d’activation des voies et fonctions ;

• Des analyses d’enrichissement de termes avec GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) ;
• L’identification de régulateurs causals susceptibles d’être à l’origine de plusieurs des modulations observées ;
• La réalisation de réseaux d’interactions à façon.

Équipements

Spectrométrie de masse – La plateforme est équipée de 4 spectromètres de masse :

• 2 timsTOF Pro (Bruker) ;
• 1 Orbitrap Tribrid Fusion (ThermoScientific) ;
• 1 Orbitrap Q Exactive Plus (ThermoScientific).

Chromatographie :

• 4 chaines analytiques en C18 acide U3000 RSLC (Thermo Scientific) sont couplées aux 4 spectromètres de masse pour les séparations nanochromatographiques ;
• 2 systèmes de séparation chromatographique AKTA (Cytiva) pour la séparation et le fractionnement des protéines ou peptides viennent compléter les équipements précédents.

Electrophorèse :
La plateforme dispose également de plusieurs systèmes de séparation électrophorétique par SDS-PAGE pour minigel 1D ou 2D Western blot.

Services proposés

Protéom’IC dispose de matériels, de personnels et d’expertises permettant de répondre à une large gamme de demandes en protéomique.
La plateforme propose un accompagnement complet depuis l’extraction des protéines jusqu’à l’analyse des résultats. Proteom’IC participe aussi à la rédaction des publications d’articles scientifiques et prend en charge le dépôt des données sur les moteurs de recherche publics de type PRIDE.
Proteom’IC enrichit régulièrement ses prestations grâce aux développements qu’elle réalise. Ces développements ont pour but de répondre à une demande pour un projet de recherche associé à une équipe, à un ensemble de demandes communes, à l’évolution des techniques de protéomique ainsi que celles liées au fonctionnement de la plateforme.
Enfin, Proteom’IC intervient chaque année dans la formation de chercheurs et ITA ainsi que dans des enseignements de Licences Professionnelles, Masters 1 et Masters 2. Elle accueille aussi tous les ans des stagiaires et étudiants de différents niveaux.