Bioinformatique et Biostatistique – BIBS de l’Epigénétique & Destin cellulaire

Présentation

Le plateau BiBs (Bioinformatique et Biostatistiques) du laboratoire Epigénétique et Destin Cellulaire fournit aux équipes du laboratoire un large éventail de services liés à la bioinformatique. Nous développons et mettons à disposition des protocoles standardisés pour l’analyse de données NGS en épigénomique. Nous accompagnons les personnels dans leurs analyses bioinformatiques et biostatistiques, en favorisant leur montée en compétence et en développant leur autonomie. Nos services incluent notamment la veille technologique, des analyses spécifiques, ainsi que des formations personnalisées pour nos utilisateurs. Nous maintenons également l’accès à une ressource de calcul locale. Enfin, une partie importante de notre travail consiste à promouvoir les bonnes pratiques d’analyse et de gestion de données.

Le plateau BiBs fait partie et contribue activement au développement de la plateforme iPOP-UP qui fédère et promeut la bioinformatique au niveau de l’Université Paris Cité.

Le plateau comprend deux personnels permanents et accueille régulièrement des stagiaires ou apprentis.

Activités

Expertises

Notre expertise concerne l’analyse des données de séquençage haut débit de type Illumina et Oxford Nanopore. Nous pouvons vous guider sur l’analyse de différents types de données omiques :

  • Transcriptome (RNA-seq) ;
  • Méthylome (séquençage au bisulfite, ou détection directe en long-read par nanopore) ;
  • Localisation génomique de facteurs de transcription ou de marques d’histones (ChIP-seq ou CUT&RUN) ;
  • Accessibilité de la chromatine (ATAC-seq) ;
  • Conformation des chromosomes (Hi-C).

En complément des analyses ‘bulk’, nous renforçons nos compétences sur l’analyse des données ‘single-cell’, notamment grâce au réseau iPOP-UP.

Nous sommes également experts dans l’intégration de différents outils bioinformatiques au sein de worflows (Snakemake), ce qui rend les analyses reproductibles et accessibles à un large public de chercheurs. Nos workflows sont compatibles avec les clusters de calcul haute performance de l’Université Paris Cité (iPOP-UP, hébergé par RPBS) et de l’Institut Français de Bioinformatique.

Enfin, nous avons un savoir-faire sur le management des données (rédaction des plans de gestion de données, principes FAIR).

Services proposés

  • Design expérimental: conseils sur le choix de la technique de séquençage, la profondeur nécessaire, les contrôles, le nombre de réplicats biologiques…
  • Développement de workflows d’analyse de données de séquençage haut débit et accompagnement dans leur utilisation ;
  • Accompagnement dans l’utilisation du cluster de calcul haute performance iPOP-UP et organisation de formations dédiées ;
  • Maintenance et valorisation des outils bioinformatiques développés par les membres du laboratoire ;
  • Formations à la demande sur l’utilisation d’outils bioinformatiques pour développer l’autonomie des utilisateurs ;
  • Relecture d’articles ou de demandes de financement concernant des projets faisant appel à des analyses NGS ;
  • Aide au recrutement de stagiaires, doctorant•e•s, post-doctorant•e•s ou ingénieur•e•s en charge de l’analyse de données omiques ;
  • Recommandations de bonnes pratiques basées sur les principes FAIR pour la gestion et l’analyse des données.

Thématiques

Contact

Plateau Bioinformatique et Biostatistiques du laboratoire Epigénétique et Destin Cellulaire Bâtiment
Lamarck B, 3ème étage, salle 366b
35 rue Hélène Brion
75013, Paris
bibs@parisepigenetics.com
Site web

Tutelles

Université Paris Cité, CNRS

Unités de rattachement

Epigénétique et Destin Cellulaire – UMR 7216
 

Plateformes dans la même thématique

Plateforme technologique de l’IRSL

L’IRSL (Institut de Recherche Saint-Louis, Université Paris-Cité, Hôpital Saint-Louis, Paris 10 ) est une structure de recherche de l’Université Paris-Cité adossée à l’hôpital Saint-Louis, regroupant et hébergeant les unités mixtes de recherche INSERM,CNRS, UP, CEAEA, APHP.

Genome Engineering in Epigenetics (GENIE)

Le plateau technique « Genome ENgeneering In Epigenetics » ( GENIE ) est axée sur les diverses applications des technologies CRISPR/Cas dans le domaine de l’épigénétique

Plateforme Proteom’IC 3P5

Proteom’IC est la plateforme d’analyses protéomiques par spectrométrie de masse de l’Institut Cochin localisée au sein de l’hôpital Cochin

Plateforme d’expertise technologique de Production, d’Ingénierie, et de Caractérisation de Vésicules Extracellulaires pour des Thérapies Personnalisées (IVETh)

La plateforme a pour objectif d’offrir des expertises autour des vésicules extracellulaires et un parc d’équipements de rupture pour la caractérisation du sécrétome et des vésicules extracellulaires thérapeutiques ou issues de biofluides pour du diagnostic.
Cette plateforme est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle.