Plateforme Proteomique Structurale et Fonctionnelle (ProtéoSeine@IJM)

Présentation

ProteoSeine@IJM est la plateforme protéomique de l’Institut Jacques Monod, UMR 7592 Université de Paris Cité – CNRS.
Les activités de la plateforme incluent du service analytique, de la recherche et du développement technique et méthodologique ainsi qu’une veille technologique active. Dans ce contexte, elle utilise les approches les plus modernes de la spectrométrie de masse pour l’étude des constituants protéiques des systèmes vivants. Sa mission est d’offrir à la communauté des chercheurs en biologie des compétences et services à l’état de l’art permettant d’intégrer des approches protéomiques dans le développement de leurs projets scientifiques. Les développements de la plateforme peuvent s’appuyer sur la recherche active des équipes de l’Institut Jacques Monod qui est un pôle d’excellence de recherche fondamentale en biologie, sur des collaborations avec le milieu hospitalier et sur un long savoir-faire en développement analytique de protéines thérapeutiques. ProteoSeine a renouvelé en Novembre 2021 sa labellisation par le GIS IBiSA (Infrastructures pour la Biologie, la Santé et l’Agronomie). La plateforme assure une traçabilité de ses activités via l’enregistrement des prestations et des utilisateurs dans un LIMS spécialement développé en interne et les données brutes sont stockées en redondance via une solution gérée par l’Institut Jacques Monod.

Activités

Expertises

L’équipe dispose généralement de solides compétences en chromatographie et analyse par spectrométrie de masse de biomolécules. Néanmoins l’équipe développe particulièrement son expertise dans l’analyse quantitative différentielle à haut débit de mélanges protéiques complexes, l’analyse de modifications post-traductionnelles, la caractérisation de protéines pharmaceutiques recombinantes et l’analyse de complexes non-covalents par spectrométrie de masse en conditions natives. Des approches de type bottom-up et top-down à l’échelle nano ou capillaire sont utilisées en fonction des problématiques rencontrées.

Equipements

ProteoSeine assure la mise en œuvre de spectromètres de masse haute résolution de type électrospray couplés à des systèmes chromatographiques à haute performance. Les analyses bottom-up sont réalisées sur un appareil de dernière génération de type timsTOF Pro2 couplé à un automate de séparation haut débit de peptides à l’échelle nano (Evosep One). Les analyses en MS-native et sur protéine intacte sont réalisées sur un instrument de type Cyclic IMS embarquant une technologie révolutionnaire de mobilité ionique cyclique. L’instrument est également doté de capacités de fragmentation EXD et SID en surcroît du mode de fragmentation CID disponible dans les cellules TRAP et TRANSFER. Cet instrument est couplé à une chaîne chromatographique capillaire haute pression de type M-Class pour le développement de séparations haute résolution de protéines. Un robot nanomate ADVION est également disponible pour des analyses nanospray en infusion directe automatisées. ProteoSeine dispose également d’une plateforme Hamilton pour la préparation automatisée d’échantillons et de logiciels de retraitement propriétaires permettant l’analyse des données sur deux serveurs de calcul multichoeurs. La plateforme est donc complètement capable de prendre en charge de grandes quantités d’échantillons dans des workflows automatisés.

Services proposés

ProteoSeine propose différents protocoles d’analyses sur des protéines intactes (top-down) ou après digestion (bottom-up) qui permettent notamment d’aborder les problématiques suivantes :
• Identification de protéines sur gel ou en solution
• Caractérisation de modifications post-traductionnelles (PTMs)
• Caractérisation de protéines recombinantes ou purifiées (coverage, PTMs, process & product-related impurities)
• Analyses quantitatives différentielles (Pull-Down, protéomes totaux, biofluides etc..)
• Analyse de protéomes spécifiques après enrichissement (ex : phosphoprotéome)
• Analyse de complexes par MS en conditions natives
Les utilisateurs sont encouragés à prendre contact avec la plateforme dans un premier temps (spectrodemasse@ijm.fr) afin de définir leurs besoins et le protocole d’analyse le plus adapté. A titre d’exemple, la plateforme réalise couramment des analyses combinées après digestions multiples, des analyses quantitatives différentielles avec ou sans marquage, de l’enrichissement et du fractionnement de mélanges complexes.
Les résultats générés sont envoyés par e-mail dans un délai de 2 semaines en général pour des approches classiques et sont archivés. Les données brutes sont transmises à la demande car leur stockage et intégrité sont assurés par la plateforme de façon non-contractuelle. Après réception des résultats, l’utilisateur est donc responsable de l’intégrité de l’ensemble de ses données. La plateforme encourage les chercheurs à travailler en mode