Plateforme génomique Institut Cochin – Genom’IC

Présentation

Genom’IC est une plateforme de l’Institut Cochin, labellisée IBISA,  rattachée au réseau national  France Génomique et donc ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle.

Genom’IC met d’une part à disposition ses systèmes de PCR temps réel et digitale aux équipes de l’Institut Cochin et forme les utilisateurs à ces appareils et ces techniques. D’autre part, Genom’IC propose des prestations de service labellisée ISO9001 aux équipes de recherche dans leurs analyses transcriptomiques (RNA-seq) et épigénétiques (ChIP-seq et ATAC-seq) au niveau tissulaire, cellulaire et spatial. Genom’IC fait ainsi régulièrement évoluer ses prestations au gré des évolutions technologiques et des besoins de la communauté scientifique.

Genom’IC est enfin un acteur important dans le déploiement du réseau bio-informatique iPOP-UP d’Université Paris Cité.

Activités

Expertises

La plateforme Genom’IC :
– propose son expertise en analyse d’expression des gènes par séquençage haut débit depuis le contrôle qualité des ARN et l’aide au design expérimental, la préparation des banques et leur séquençage, jusqu’à l’analyse bio-statistique des données et l’accompagnement vers la publication. Des prestations d’analyses en bulk RNA-seq (petits ARN, ARNm et totaux, 3’tag), en ribosome profiling, en single cell (basée sur la technologie 10X Genomics) et en transcriptomique spatiale (technologie Visium de 10 X Genomics) sont proposées pour tout type de modèle eucaryotes. Genom’IC bénéficie des expertises des plateformes de cytométrie (Cybio) et d’histologie (Histim) de l’Institut Cochin pour la réalisation des analyses single cell et spatiale respectivement ;
– propose son expertise dans l’extraction des ARN de petits nombres de cellules (tri, microdissection) et plus généralement dans  le contrôle qualité des ARN ;
– propose également des prestations d’analyse épigénétique (ChIP-seq et ATAC-seq) en accompagnant les équipes dès la mise en place du projet jusqu’à l’analyse bio-statistique des données ;
– met à disposition ses systèmes de PCR en temps réel (réservabless via Open Iris) et PCR digitale aux équipes de l’Institut Cochin en assurant la formation à l’utilisation des appareils et à la technique ;
– Met à disposition de la communauté des outils de post analyse des données RNA-seq permettant aux équipes de customiser les représentations / figures des résultats.

Equipements

La plateforme est équipée :
– D’un séquenceur Nextseq 500, d’un séquenceur Miseq (Illumina). Elle attend l’arrivée d’un Nextseq 2000 (Illumina) pour la fin d’année 2022. Ces  séquenceurs délivrent des séquences courtes de haute qualité. Elle dispose également d’un séquenceur Minion (Oxford Nanopore) permettant de produire des séquences longues nécessaires pour certaines applications.
– D’un chromium controler (10X Genomics) permettant d’encapsider cellules et noyaux de façon automatisée et robuste pour les analyses single cell (RNA-seq, ATAC-seq, ..).
– De 2 bioanalyseurs 2100 (Agilent) permettant de réaliser les contrôles qualité des échantillons fournis par les équipes et des banques produites par la plateforme.
– D’un covaris S220 permettant la fragmentation physique d’acides nucléiques.
– De serveurs de calculs et de stockage de données administrés par la DSI de l’INSERM.

Services proposés

La plateforme Genom’IC :
– propose un accompagnement complet depuis la qualification des échantillons d’ARN extraits par les équipes jusqu’à l’analyse bio-statistique des données et l’aide à la publication des résultats (customisation de  l’analyse, des figures par exemple, mise à disposition sécurisée des données) pour différentes analyses transcriptomiques (mRNA-seq, mir-seq, ribo-seq) ;
– propose aux équipes de l’Institut Cochin une formation à l’utilisation des appareils mis à disposition et à la technique de PCR en temps réel ;
– accueille chaque année une formation au Master de Bio-informatique de l’université de Paris (option Ingénierie de plateforme) et ses membres dispensent des formations en génomique en licence professionnelle (ENCPB), en licence de Mathématiques (UPC), au DU « Médecine génomique : NGS pour le diagnostic génétique et la stratification thérapeutique » (UPC) ;
– met au point de nouvelles applications (développement de nouvelles méthodes, achat de nouveaux équipements) en fonction des demandes des équipes de recherche et s’appuie sur le réseau France Génomique et les compétences des plateformes partenaires du réseau. Elle met en place actuellement des lectures longues (Nanopore) et une nouvelle approche des analyses single cell (Smartseq3).